Artemis Fowl è stato contagiato da un virus estremamente pericoloso, quello del Morbo di Atlantide, che non solo suscita in lui una fissazione per il numero 5 (per esempio lo fa parlare in frasi di 5 parole, battere le dita sul tavolo 5 volte e così via), ma alla lunga potrebbe provocare la follia e la morte. A complicare le cose, un nuovo "cattivo" ha deciso di mettergli i bastoni fra le ruote: è il fratello del defunto comandante Tubero che, dopo essere evaso dalla prigione Atlantidea dov'era rinchiuso, si mette all'opera per vendicarsi dei suoi antichi nemici: Spinella Tappo, Polledro e l'intera LEP in generale. Artemis viene subito coinvolto nella battaglia per il potere, ma per quanto sia ansioso di aiutare gli amici sotterranei, il morbo di Atlantide disabilita tutte le capacità della sua acutissima mente, tanto che non passa molto prima che sia lui ad avere bisogno d'aiuto.